Nghị định 254 và Thông tư 91 về hóa đơn điện tử: Những điểm mới cần biết

Nghị định 254 và Thông tư 91 quy định những gì?

Nghị định 254/2026/NĐ-CP do Chính phủ ban hành, quy định chi tiết một số điều và biện pháp tổ chức thi hành Luật Quản lý thuế liên quan đến hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử. Trong khi đó, Thông tư 91/2026/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành, hướng dẫn một số nội dung của Luật Quản lý thuế và Nghị định 254.

Để xác định đúng quy định áp dụng, doanh nghiệp cần đối chiếu cả hai văn bản, từ nội dung quy định chung đến hướng dẫn thực hiện đối với từng nghiệp vụ cụ thể.

Doanh nghiệp có thể tra cứu văn bản gốc tại Cổng Thông tin điện tử Chính phủ:

• Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
• Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Những điểm mới đáng chú ý của Nghị định 254 và Thông tư 91

Các quy định về hóa đơn điện tử cần được rà soát theo từng nhóm nghiệp vụ thay vì chỉ cập nhật riêng quy trình phát hành hóa đơn. Những nội dung doanh nghiệp nên chú ý gồm đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử, các trường hợp không phải sử dụng hóa đơn, thời điểm lập, nội dung hóa đơn, thủ tục đăng ký và cách xử lý hóa đơn có sai sót.

Quy định về đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử

Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định các nhóm đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử, bao gồm tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và một số trường hợp đặc thù về quản lý thuế.

Tùy thuộc vào đối tượng và điều kiện áp dụng, người bán có thể sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, hóa đơn điện tử không có mã hoặc hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền.

Đối với hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh, tài liệu hướng dẫn của Bộ Tài chính được đề cập trong nguồn cho biết, từ ngày 01/07/2026, các trường hợp có doanh thu trên 1 tỷ đồng/năm thuộc diện phải sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền theo quy định áp dụng. Doanh thu xác định ngưỡng được tính trên tổng doanh thu từ các kênh kinh doanh, không chỉ căn cứ vào từng gian hàng hoặc địa điểm riêng lẻ.

Với doanh nghiệp, việc xác định đúng loại hóa đơn cần sử dụng, điều kiện áp dụng và trách nhiệm truyền dữ liệu là bước quan trọng để bảo đảm quy trình phát hành hóa đơn phù hợp. Không nên mặc định mọi doanh nghiệp đều thuộc cùng một nhóm đối tượng hoặc sử dụng chung một loại hóa đơn.

Các trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện tử

Nghị định 254 quy định một số trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện tử. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần xác định chính xác đối tượng, điều kiện và phạm vi áp dụng của từng trường hợp. Việc một giao dịch thuộc nhóm có ngoại lệ không đồng nghĩa tất cả giao dịch tương tự đều được miễn lập hóa đơn.

Theo nội dung hướng dẫn được Bộ Tài chính công bố và dẫn lại trong tài liệu, một số trường hợp được đề cập gồm:

• Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh thuộc diện lập bảng kê thu mua theo quy định của pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Thu nhập từ hoạt động cho thuê bất động sản.
• Một số hoạt động cung cấp hàng hóa, dịch vụ nội dung số cho tổ chức, cá nhân nước ngoài.
• Một số hoạt động đại lý trong trường hợp doanh nghiệp đã thực hiện kê khai, khấu trừ và nộp thuế thay theo quy định.

Khi phát sinh giao dịch thuộc nhóm có khả năng được áp dụng ngoại lệ, doanh nghiệp cần đối chiếu Điều 7 Nghị định 254 và các hướng dẫn liên quan trước khi quyết định không lập hóa đơn. Việc kiểm tra căn cứ pháp lý ngay từ đầu giúp hạn chế rủi ro do xác định sai điều kiện áp dụng.

Điều chỉnh quy định về thời điểm lập hóa đơn

Thời điểm lập hóa đơn ảnh hưởng trực tiếp đến việc ghi nhận doanh thu, xác định nghĩa vụ thuế và đối chiếu chứng từ kế toán. Theo Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, thời điểm lập hóa đơn được xác định theo loại giao dịch và quy định tương ứng.

Đối với hoạt động cung cấp dịch vụ, nguyên tắc chung là lập hóa đơn tại thời điểm hoàn thành việc cung cấp dịch vụ, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa. Trường hợp người cung cấp dịch vụ thu tiền trước hoặc trong khi cung cấp dịch vụ, hóa đơn được lập tại thời điểm thu tiền, ngoại trừ khoản tiền đặt cọc theo quy định của Bộ luật Dân sự nhằm bảo đảm thực hiện hợp đồng cung cấp dịch vụ.

Quy định này yêu cầu doanh nghiệp xem xét đồng thời bản chất khoản tiền thu được, tiến độ thực hiện hợp đồng và thời điểm hoàn thành dịch vụ, thay vì chỉ căn cứ vào ngày thanh toán.

Ví dụ, với hợp đồng dịch vụ kéo dài nhiều tháng, kế toán cần xác định thời điểm hoàn thành dịch vụ theo hợp đồng và tình hình thực tế. Đồng thời, cần kiểm tra các khoản thu trước để xác định có thuộc trường hợp phải lập hóa đơn tại thời điểm thu tiền hay không.

Đối với hợp đồng có nhiều giai đoạn nghiệm thu hoặc phương thức cung cấp dịch vụ đặc thù, doanh nghiệp nên đối chiếu quy định tương ứng trước khi xác định thời điểm lập hóa đơn và ghi nhận nghiệp vụ.

Hoàn thiện quy định về nội dung hóa đơn điện tử

Hóa đơn điện tử cần thể hiện đầy đủ các thông tin theo quy định và phản ánh chính xác nghiệp vụ kinh tế phát sinh. Khi lập hoặc kiểm tra hóa đơn, doanh nghiệp nên chú ý các nhóm thông tin sau:

• Thông tin người bán và người mua.
• Tên hàng hóa, dịch vụ, đơn vị tính, số lượng và đơn giá theo trường hợp áp dụng.
• Thành tiền, thuế suất, tiền thuế và tổng số tiền thanh toán.
• Ký hiệu, số hóa đơn và các thông tin đặc thù khác theo quy định.

Đối với giao dịch bằng ngoại tệ, Nghị định 254 còn có quy định liên quan đến việc thể hiện đơn giá, thành tiền, tổng tiền thuế giá trị gia tăng, tổng số tiền thanh toán bằng ngoại tệ và tỷ giá với đồng Việt Nam.

Để hạn chế sai sót khi phát hành hóa đơn, doanh nghiệp nên chuẩn hóa dữ liệu khách hàng, hàng hóa, dịch vụ và thuế suất trong hệ thống bán hàng, hóa đơn và kế toán. Việc sử dụng dữ liệu thống nhất giúp giảm tình trạng thông tin không đồng nhất giữa các bộ phận và hạn chế thao tác nhập liệu lặp lại.

Hướng dẫn đăng ký, thay đổi thông tin và quản lý hóa đơn điện tử

Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn các nội dung liên quan đến đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, thay đổi thông tin đăng ký và các thủ tục quản lý trong quá trình sử dụng. Đây là nhóm quy định kế toán cần tra cứu khi doanh nghiệp thay đổi thông tin hoặc phát sinh tình huống ảnh hưởng đến việc sử dụng hóa đơn.

Khi rà soát quy trình hiện tại, doanh nghiệp nên làm rõ các vấn đề:

• Thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có còn chính xác không?
• Khi thay đổi thông tin, doanh nghiệp cần thực hiện thủ tục nào?
• Trường hợp ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử cần xử lý ra sao?
• Bộ phận nào chịu trách nhiệm cập nhật thông tin và theo dõi việc thực hiện?

Bên cạnh thủ tục với cơ quan thuế, doanh nghiệp cần cập nhật thông tin trong hệ thống quản trị nội bộ khi cần thiết. Hai công việc này có phạm vi và mục đích khác nhau; hoàn thành một công việc không mặc nhiên thay thế công việc còn lại nếu pháp luật hoặc quy trình nội bộ yêu cầu thực hiện riêng.

Xử lý hóa đơn điện tử đã lập có sai sót

Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn việc xử lý hóa đơn điện tử đã lập có sai sót. Phương án xử lý phụ thuộc vào nội dung sai, mức độ ảnh hưởng và trường hợp cụ thể được quy định.

Khi phát hiện sai sót, kế toán cần xác định chính xác nội dung sai và đối chiếu Điều 10 Thông tư 91 để lựa chọn thủ tục phù hợp. Không nên mặc định mọi hóa đơn sai đều phải hủy hoặc tất cả trường hợp đều có thể xử lý bằng một thông báo.

Doanh nghiệp cũng nên xây dựng quy trình tiếp nhận, kiểm tra, phê duyệt và lưu hồ sơ xử lý hóa đơn sai sót. Việc phân công rõ trách nhiệm giúp các bộ phận phối hợp nhất quán và thuận tiện hơn khi cần tra cứu, đối chiếu.

Quy định về quản lý, kết nối và truyền dữ liệu hóa đơn

Hóa đơn điện tử vừa phục vụ giao dịch thương mại, vừa là dữ liệu quan trọng trong công tác quản lý thuế. Vì vậy, doanh nghiệp cần quan tâm đến toàn bộ quá trình sử dụng hóa đơn, bao gồm lập, tra cứu, lưu trữ, truyền dữ liệu và đối chiếu thông tin.

Theo Điều 6 Nghị định 254, một số nhóm doanh nghiệp có thể sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế khi đáp ứng các điều kiện tương ứng. Trong đó, các điều kiện được đề cập bao gồm hạ tầng công nghệ thông tin, hệ thống phần mềm kế toán, phần mềm lập hóa đơn điện tử và khả năng lập, tra cứu, lưu trữ, truyền dữ liệu hóa đơn. Những trường hợp rủi ro cao về thuế hoặc đăng ký sử dụng hóa đơn có mã được xem xét theo quy định riêng.

Điều này cho thấy doanh nghiệp cần đánh giá khả năng đáp ứng của hệ thống đang sử dụng, đặc biệt là khả năng quản lý dữ liệu và kết nối giữa các nghiệp vụ. Tuy nhiên, không nên suy diễn rằng mọi doanh nghiệp đều bắt buộc phải đầu tư một giải pháp phần mềm cụ thể.

Nghị định 254 và Thông tư 91 ảnh hưởng thế nào đến doanh nghiệp?

Mức độ tác động của Nghị định 254 và Thông tư 91 phụ thuộc vào loại hình hoạt động, phương thức sử dụng hóa đơn và quy trình hiện tại của từng đơn vị. Để chủ động triển khai, doanh nghiệp nên rà soát các công việc liên quan theo từng bộ phận.

Đối với bộ phận kế toán

Kế toán cần xác định những nghiệp vụ chịu ảnh hưởng trực tiếp từ quy định mới, đặc biệt là thời điểm lập hóa đơn, xử lý khoản thu trước, kiểm tra nội dung hóa đơn và xử lý sai sót.

Trên cơ sở đó, doanh nghiệp nên cập nhật hướng dẫn nghiệp vụ nội bộ, thống nhất cách thực hiện và xác định rõ trách nhiệm của nhân sự phụ trách. Việc chuẩn hóa quy trình giúp hạn chế cách hiểu khác nhau giữa các kế toán viên và hỗ trợ kiểm tra khi cần.

Đối với bộ phận bán hàng và mua hàng

Dữ liệu về đơn hàng, hàng hóa, dịch vụ, khách hàng và nhà cung cấp là cơ sở để lập hoặc kiểm tra hóa đơn. Nếu thông tin được nhập tại nhiều hệ thống riêng biệt mà không được đồng bộ, doanh nghiệp có thể gặp tình trạng sai lệch dữ liệu hoặc chậm trễ trong quá trình đối chiếu.

Doanh nghiệp nên quy định rõ thời điểm bàn giao thông tin giữa các bộ phận, người chịu trách nhiệm kiểm tra và cách xử lý khi dữ liệu không thống nhất. Quy trình phối hợp rõ ràng giúp giảm sai sót ngay từ khâu phát sinh giao dịch, thay vì chỉ phát hiện khi kế toán kiểm tra hóa đơn.

Đối với người quản lý doanh nghiệp

Ban lãnh đạo cần bảo đảm quy trình hóa đơn có người phụ trách, có cơ chế kiểm tra và có khả năng truy xuất hồ sơ khi cần. Đây là một phần trong hoạt động quản trị nhằm hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ tuân thủ.

Việc phân công trách nhiệm và xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ không thay thế trách nhiệm pháp lý của người bán hoặc các bên liên quan. Doanh nghiệp cần kết hợp giữa cập nhật quy định, tổ chức thực hiện và kiểm tra định kỳ để phát hiện kịp thời những điểm chưa phù hợp.

Doanh nghiệp cần làm gì để triển khai đúng quy định mới?

Sau khi đối chiếu Nghị định 254 và Thông tư 91, doanh nghiệp có thể sử dụng checklist dưới đây để rà soát hệ thống và quy trình hóa đơn điện tử:

• Xác định loại hóa đơn và nhóm quy định áp dụng cho doanh nghiệp.
• Rà soát thời điểm lập hóa đơn theo từng loại giao dịch.
• Kiểm tra thông tin người bán, người mua, hàng hóa, dịch vụ và thuế.
• Cập nhật quy trình đăng ký, thay đổi thông tin và xử lý hóa đơn sai sót.
• Kiểm tra khả năng kết nối, tra cứu, lưu trữ và đối chiếu dữ liệu.
• Phân công trách nhiệm giữa kế toán, bán hàng, mua hàng và bộ phận IT.
• Hướng dẫn nhân sự thực hiện quy trình và lưu trữ hồ sơ liên quan.

Checklist này giúp doanh nghiệp hệ thống hóa các đầu việc cần kiểm tra. Khi triển khai, cần phân biệt rõ nghĩa vụ được quy định trực tiếp trong văn bản pháp luật với các biện pháp quản trị nội bộ do doanh nghiệp chủ động thiết lập.

Phần mềm kế toán hỗ trợ doanh nghiệp quản lý hóa đơn điện tử như thế nào?

Tuân thủ quy định về hóa đơn điện tử không chỉ dừng lại ở thao tác phát hành hóa đơn. Doanh nghiệp còn cần quản lý dữ liệu bán hàng, mua hàng, công nợ, thuế và kế toán để có thể đối chiếu thông tin khi cần.

Một hệ thống kế toán có khả năng kết nối với hóa đơn điện tử có thể hỗ trợ doanh nghiệp trong các công việc sau:

• Hạn chế nhập liệu trùng lặp: Tái sử dụng dữ liệu khách hàng, hàng hóa và nghiệp vụ đã có khi lập hóa đơn, tùy theo khả năng tích hợp của hệ thống.
• Liên kết dữ liệu giữa các bộ phận: Hỗ trợ đồng bộ thông tin bán hàng, mua hàng, hóa đơn và kế toán theo phạm vi tính năng được cung cấp.
• Đối chiếu hóa đơn và sổ sách: Tạo cơ sở kiểm tra tính thống nhất giữa hóa đơn, chứng từ, doanh thu, thuế và công nợ.
• Tập trung dữ liệu: Hỗ trợ tra cứu, tổng hợp số liệu và lập báo cáo thuận tiện hơn.
• Hỗ trợ cập nhật quy trình: Tạo điều kiện triển khai thay đổi về nghiệp vụ trên hệ thống, tùy khả năng cập nhật của nhà cung cấp.

SIS Accounting Online là một giải pháp doanh nghiệp có thể đưa vào danh sách khảo sát khi có nhu cầu quản lý nghiệp vụ kế toán và liên kết dữ liệu hóa đơn điện tử.

Trước khi lựa chọn, doanh nghiệp nên yêu cầu nhà cung cấp trình diễn quy trình thực tế, từ lập hóa đơn, đồng bộ dữ liệu đến ghi nhận kế toán và đối chiếu báo cáo. Qua đó, doanh nghiệp có thể đánh giá mức độ phù hợp của giải pháp với quy trình hiện tại và các yêu cầu nghiệp vụ cần đáp ứng.

Cần lưu ý rằng phần mềm chỉ hỗ trợ công tác quản lý, không thay thế trách nhiệm tuân thủ của doanh nghiệp. Hiệu quả sử dụng phụ thuộc vào độ chính xác của dữ liệu đầu vào, cách thiết lập quy trình và việc nhân sự thực hiện đúng quy định.

Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC được tài liệu xác định có hiệu lực từ ngày 01/07/2026, với nhiều nội dung liên quan đến đối tượng sử dụng, thời điểm lập, nội dung và xử lý hóa đơn điện tử. Doanh nghiệp cần đối chiếu các quy định với loại hình hoạt động và nghiệp vụ thực tế, đặc biệt là quy trình lập hóa đơn, xử lý sai sót và quản lý dữ liệu.

Bên cạnh việc cập nhật quy trình kế toán, doanh nghiệp nên rà soát khả năng kết nối, lưu trữ và đối chiếu dữ liệu của hệ thống đang sử dụng. Mục tiêu không chỉ là lập hóa đơn đúng quy định mà còn bảo đảm dữ liệu hóa đơn, chứng từ và kế toán nhất quán, có thể kiểm tra và giải trình khi cần.