Dù là doanh nghiệp vừa là nhỏ hay doanh nghiệp có quy mô lớn thì các vấn đề về quản lý công việc hiệu quả luôn là một trong những khó khăn cho từng cá nhân trong công ty nói  riêng và cho các cấp quản trị nói chung. Một số khó khăn khi quản lý công việc bao gồm:

• Thiếu hệ thống quản lý hiệu quả: Khối lượng công việc ngày càng tăng cao, khiến việc kiểm soát nhân viên trở nên khó khăn hơn. Cùng với đó, khối lượng dữ liệu và thông tin tích lũy qua các năm cũng gây ra nhiều khó khăn trong việc quản lý.
• Thiếu sự đồng bộ trong việc quản lý công việc: Tại nhiều doanh nghiệp, thông tin về công việc thường được lưu trữ ở nhiều nơi khác nhau như email, các tập tin Excel, ghi chú giấy, hoặc thậm chí trong đầu của mỗi cá nhân. Điều này dẫn đến sự phân tán thông tin và công cụ, làm cho việc tìm kiếm thông tin và cập nhật tiến độ trở nên tốn thời gian và khó khăn hơn.
• Khó khăn trong việc theo dõi tiến độ công việc: Không thể theo dõi mỗi hoạt động của từng công nhân một cách chi tiết là nguyên nhân chính gây ra khó khăn này. Hậu quả là ảnh hưởng tiêu cực đến chất lượng sản phẩm và tiến độ công việc.
• Khó khăn trong việc đánh giá hiệu quả công việc: Việc thiếu phần mềm quản lý công việc phù hợp gây ra những khó khăn đáng kể trong việc đánh giá hiệu suất và đưa ra phương án chiến lược mới. Công cụ này tạo điều kiện thuận lợi cho quản lý tổ chức và điều chỉnh các hoạt động làm việc.
• Không kiểm soát được khối lượng công việc của nhân viên cũng như giao việc không phù hợp với năng lực của nhân viên cũng là những khó khăn mà doanh nghiệp thường gặp phải.